Le 25 février 2016, la dépouille du Père Marie-Eugène est exhumée en présence de ses proches (vidéo), de membres de l'Institut Notre-Dame de Vie, de Carmes et de Mgr Jean-Pierre Cattenoz pour constater l'état de la dépouille, nouvelle étape dans la cause de béatification.
Dans les années 80, un nourrisson est opéré de nombreuses fois, il est mourant, une de ses tantes prie et implore le Père Marie-Eugène de l'Enfant-Jésus. À ce moment, le bébé se met à pleurer et, selon les médecins, "redémarre comme un avion." Le 1er décembre 2015, une commission de médecins a attribué cette guérison inexpliquée au Père Marie-Eugène.
Le pape devra encore reconnaître ce miracle pour ouvrir la voie à la béatification.
