Jean-Jacques Brot, préfet hors-cadre, a été nommé le 9 mars 2015, coordinateur de l’accueil d’une partie des réfugiés syriens et irakiens. Il s’occupe de deux catégories de réfugiés. L’une concerne des familles qui sont sous la protection de l’ONU et du Haut Commissariat des Nations Unies aux réfugiés (HCR) dans des camps en Jordanie, au Liban et en Turquie. L’autre est celle de familles, irakiennes uniquement, persécutées pour leurs confessions religieuses: les chrétiens et les yézidis. Lors de l’invasion de la plaine de Ninive par DAECH à l’été 2014, le gouvernement français avait choisi le système de visas pour asile. Selon Jean-Jacques Brot, c’est un procédé qui a fonctionné "cahin-caha" car il a pu constater une baisse de 40% par rapport à l'année précédente, de visas de réfugiés délivrés à ces minorités religieuses persécutées.
La réalité est que, contrairement à ce que l’on peut entendre depuis des mois, l’accueil des chrétiens d’orient est faible. L'ancien préfet de Vendée a constaté un "enchainement d’empêchements bureaucratiques ou idéologiques".
"Il y a objectivement un certain nombre de fonctionnaires, dont je ne citerais pas les noms qui, par leurs écrits, leurs actes ou leur lenteur, expriment leurs convictions".
Certains patriarches appellent les chrétiens d’orient à ne pas fuir leur pays.
"Cela peut se comprendre pour ceux qui n’ont pas été torturés et violés mais le discours de ces patriarches est catastrophique. Ils alimentent ceux des fonctionnaires qui, en France en particulier, font passer leurs convictions avant le sauvetage de ces familles vulnérables. Ils se saisissent de ces discours pour en tirer argument à refuser des visas".
