La chapelle a toujours servi comme lieu de culte. La messe y est encore célébrée chaque semaine. Monseigneur Roland Minnerath, archevêque de Dijon, s'oppose au projet de transformation d’une chapelle du XVIè siècle en vinothèque. Un projet de l’ancien maire de Dijon (aujourd’hui ministre du Travail) François Rebsamen.
L’ancien hôpital général de la ville déménage et le site actuel va être tranformé en « Cité internationale de la gastronomie tournée vers le vin » pour 55 M€.Y compris la grande chapelle de l’hôpital du Saint-Esprit, dont la première pierre fut posée en 1504, qui deviendrait un « espace de vente et de valorisation des vins des terroirs de France et du monde ».
Adjoint en charge de la Cité Internationale de la gastronomie, François Deseille, élu du MoDem de la majorité à Dijon explique que pour l’heure, rien n’est défini. Néanmoins, il prévient :
« La vocation de la chapelle, c’était une relation entre le patient et l’hôpital. Il n’y aura bientôt plus d’hôpital ».
Donc plus de chapelle ?