Benjamin Stora a été membre du groupe trotskiste Alliance des jeunes pour le socialisme, l’organisation de jeunesse de l’Organisation communiste internationaliste, dirigée par Pierre Lambert. Benjamin Stora fit partie du comité directeur de l’OCI de 1977 à 1984. Il est permanent de l’OCI de 1976 à 1981. Benjamin Stora est un des principaux fondateurs du syndicat UNEF-ID, lors du congrès de Nanterre en 1980, qui mobilise des éléments de gauche en dehors du PCF (trotskystes lambertistes, courant auquel il appartient et socialistes). Avec l’ensemble du secteur jeunesse de l’OCI, Benjamin Stora rejoint le Parti socialiste en 1985 pour le courant « Convergences socialistes ».
En 2019, Bruno Larebière lui consacre un article pour le hors-série de Valeurs actuelles, intitulé « Benjamin Stora : l’historien officiel », qui dénonce la vanité du bonhomme.
Interrogé dans Le Figaro, Jean Sévilla, auteur des Vérités cachées de la Guerre d’Algérie, évoque les travaux de Benjamin Stora :
[…] Ses travaux ont épousé la relecture de la présence française en Algérie par les mouvements indépendantistes, qui la considèrent comme injuste du début à la fin. Malheureusement, Benjamin Stora n’a travaillé pour l’essentiel que sur la mémoire algérienne, avec laquelle il est en sympathie, et ne connaît pas avec une grande précision la dimension militaire de la mémoire française de la guerre d’Algérie, par exemple, puisqu’il n’a pas travaillé sur les archives de l’armée française. Ce qui fait de lui un historien, non pas des mémoires, mais de la mémoire algérienne de la guerre d’Algérie ; et non un historien impartial ayant une égale connaissance des deux camps ou même des querelles internes à ces deux camps. C’est en cela que Benjamin Stora ne me paraît pas l’homme idoine car son approche est trop ignorante de la mémoire européenne, de celle des Harkis… Il n’a pas suffisamment une vision d’ensemble: sa vision est partielle, donc partiale.
Au point d’adopter une vision biaisée des événements de la guerre d’Algérie, et de la colonisation française?
Inévitablement oui, puisque Benjamin Stora s’intéresse aux mémoires et même aux «mémoires blessées» davantage qu’aux faits historiques eux-mêmes. Ce n’est pas inintéressant, mais l’on aboutit vite avec cette approche à rendre subjectives les vérités historiques, or nous aurions besoin d’en savoir plus sur les faits. Concrètement, il apparaît par exemple étrangement compréhensif à l’égard du FLN, justifiant le choix de la «lutte armée» (que je qualifierais pour ma part de «terroriste»). Ce faisant, il légitime des faits dont l’on connaît pourtant la gravité: le FLN a posé des bombes au milieu des civils à Alger, commis des meurtres, des attentats et des enlèvements… Benjamin Stora est très silencieux sur tous ces agissements.
La question des disparus n’est pratiquement pas évoquée dans son œuvre: il y en a malheureusement eu beaucoup, et c’est aussi une réalité que l’on ne peut pas escamoter. Entre mars et l’été 1962, le FLN a enlevé de nombreux Européens afin de semer la terreur et les faire fuit, là encore, comme sur le massacre des Harkis, Benjamin Stora est d’une grande discrétion. […]
Donner à cet historien engagé très à gauche un travail sur la mémoire de la colonisation et de la guerre d’Algérie est une provocation…