Le secrétaire général de la CFDT, François Chérèque, bien que invité, ne viendra pas au 49e congrès de la CGT. Le secrétaire général de la CGT, Bernard Thibault en a ainsi expliqué les raisons :
"Il est plus que probable que sa présence aurait servi de défouloir à une petite partie des délégués [proches notamment de l'ex-Parti des travailleurs, aujourd'hui Parti ouvrier indépendant (trotskistes), NDPC]. Je lui ai expliqué la situation, cela n'aurait été bien ni pour lui, ni pour la CFDT, ni pour la CGT. Je ne pensais pas que l'on aurait affaire à de telles attitudes qui ne sont pas à notre avantage."
La CFDT, de son côté, a commenté l'incident ainsi :
"Ce regrettable contretemps ne doit pas altérer les relations entre les deux secrétaires généraux et la démarche de dialogue intersyndical engagée depuis le début de 2009. Mais il est symptomatique d'une persistance de sectarisme dans une partie du syndicalisme français."