La Cour des Comptes critique sérieusement la gestion de la RATP, en estimant que "l'absence de calcul de rentabilité financière de ses investissements ne relève pas d'une approche d'entreprise". Dans ce rapport qui porte sur les exercices 2001-2007, il est écrit que la régie publique "estime que ses investissements sont déficitaires, mais soutient qu'aucun objectif de rentabilité ne lui serait demandé". La Cour relève que la délibération de fin d'année du conseil d'administration
"autorise systématiquement le président à contracter les emprunts nécessaires pour financer les dépenses d'investissements, et les autres besoins du programme d'investissements pour l'année…, ainsi que les remboursements d'emprunts sans définir ni le montant des emprunts nécessaires ni le niveau d'endettement".
Les magistrats émettent une réserve sur les comptes de tous les exercices de 2001 à 2007 et constatent que "les procédures d'achat de la RATP ne sont pas encore conduites avec toute la rigueur nécessaire".
