Au cours des douze dernières années, le catholicisme a perdu de son influence au Salvador. Les catholiques ne représentent plus que 44 % de la population en 2016, contre 55 % en 2004, soit une baisse de 11%, d'après une enquête du grand quotidien national La Prensa Gráfica.
D'après cette enquête, en 2016, 44 % des Salvadoriens se considèrent catholiques, 37% protestants et 15% sans religion. Le phénomène de désaffection est particulièrement visible dans les grandes villes et touche beaucoup les catégories sociales défavorisées.
Les chrétiens évangéliques deviennent majoritaires dans certaines zones : ainsi, le département d'Ahuachapán (ouest du Salvador) est aujourd'hui composé de 38% de catholiques et de 37% de chrétiens évangéliques. Ces derniers sont en passe de devenir majoritaires.
Le catholicisme résiste mieux dans les zones rurales et surtout parmi les catégories sociales supérieures : la commune d'Antiguo Cuscatlán (San Salvador), l'une des plus riches du pays, compte 58% de catholiques. Enfin, 22% des jeunes salvadoriens disent ne pas avoir de religion. Un recul notable.