Cette affaire date de 2002 mais elle ressort à l'occasion de l'arrivée de Jean-Michel Baylet dans un ministère.
Les faits se seraient produits le 9 février 2002 dans la résidence de Jean-Michel Baylet à Valence d'Agen dans le Tarn-et-Garonne. Son assistante aurait été frappée principalement au visage, forcée à rédiger une lettre de démission et expulsée des lieux totalement nue ! Elle a porté plainte deux jours plus tard à la gendarmerie de Toulouse, mais l'affaire a été classée sans suite par le parquet de Toulouse. Une transaction financière secrète aurait eu lieu entre les deux parties, conduisant au retrait de la plainte.