Dans un entretien au Quotidien du Médecin, M. Nabaoui estime n’"être pas en mesure d’assumer ses responsabilités" qui consistent notamment à recenser et nommer les aumôniers en veillant à ce qu’ils adhèrent aux valeurs républicaines. Nommé à ces fonctions en mars 2006 par le Conseil Français du Culte musulman, M. Nabaoui fait état de l’intervention en milieu hospitalier d’imams "potentiellement issus de milieux extrémistes", sans le moindre contrôle des pouvoirs publics.
"Je n’ai aucun droit de regard sur le recrutement. N’importe qui s’autoproclamant imam après avoir suivi n’importe quelle formation peut se faire accréditer par un directeur d’établissement sans que celui-ci dispose de moyen de contrôle, que ce soit sur la capacité théologique du demandeur ou sur son respect des valeurs républicaines".
L’aumonier accuse encore les milieux hospitaliers de "ne pas jouer la transparence": l’administration "n’a jamais rendu public le nombre de personnes accréditées dans des fonctions d’aumonerie musulmane, pas plus que les modalités de leur recrutement".
