La Vierge apparaît à des pensionnaires du collège de Kibého, tout d'abord à Alphonsine Mumureke, qui a alors quinze ans et voit la Vierge pour la première fois le 28 novembre 1981, dans le réfectoire, puis à Nathalie Mumukamazimepaka, et ensuite à Marie-Claire Mukangango († tragiquement pendant le génocide rwandais).
Le 1er janvier 1988, l’archevêque de Kigali consacre le Rwanda à la Vierge et confie une commission d’enquête au père Augustin Misago, supérieur du séminaire de Butaré, entouré des théologiens de cette institution. Ses conclusions sont positives. Mgr Jean-Baptiste Gahamanyi, évêque de Butaré, autorise le culte public le 15 août 1988.
Malgré la guerre civile qui va troubler toute la décennie suivante, les fruits du pèlerinage à Kibeho sont nombreux et variés : conversions, guérisons, vocations religieuses en nombre, une vitalité de foi dans les Mouvements D'Action Catholique, Légion de Marie, Ligue du Sacré-Coeur de Jésus etc…
Mais les massacres de 1994 n’épargnent pas Kibeho. Un millier de personnes réfugiées dans l’église ont péri dans son incendie. Un autre massacre a suivi. Mais, certaines personnes ont attendu la mort en prière, unies à la Mère de Dieu, la priant pour le pardon des péchés personnels et celui des autres, en particulier celui des agresseurs.
Selon Marie-Claire, l’apparition se présente comme « Notre-Dame des Sept Douleurs », et demande de sortir de l'oubli le « chapelet des Sept Douleurs de la Vierge », dévotion ancienne parmi les servites de Marie, et de le prier.
Le 15 août 1982, la « Vierge Marie pleure », selon le témoignage des voyantes.
Le 19 août 1982, les voyants ont des visions terrifiantes qui préfigurent la guerre civile.
Le 15 août et le 28 novembre 1983, l’apparition demande à Alphonsine qu’une chapelle soit construite en son honneur. La première pierre de la chapelle du sanctuaire est posée le 28 novembre 1992.
Le nom donné au sanctuaire marial de Kibeho est "Sanctuaire de Notre-Dame des Douleurs", comme l'évêque l'a déjà préconisé à l'occasion de la pose de la première pierre, le 28 Novembre 1992, et repris dans son message du 15 Septembre 1996, avec de plus amples explications.
Après la guerre civile, Augustin Misago, promu évêque du nouveau diocèse de Gikongoro, s’est attaché au renouveau du pèlerinage et du sanctuaire où un chapelain réside depuis le 11 août 1996.
Les apparitions de Kibeho au Rwanda ont été reconnues officiellement par l'évêque du lieu le 29 juin 2001. Ce sont les premières apparitions officielles en Afrique.
