Un audit confidentiel de la Cour des comptes, réalisé à la demande de Bernard Accoyer, le président de l'Assemblée nationale, épingle la Chambre des députés : budget en hausse constante depuis 10 ans, frais de personnel trop lourds, travaux plus coûteux de prévu, cagnotte mal gérée, politique d'achat approximative, tout y passe. Les dépenses ont grimpé de 47 % en dix ans, bien plus vite que celles de l'État sur la même période (+ 37 %). Selon la Cour des comptes, cette augmentation ne tient pas seulement aux travaux lancés il y a quatre ans par l'Assemblée sur ses immeubles de la rue Saint-Dominique et de la rue de l'Université et qui, selon eux, coûteront deux fois plus cher de prévu, soit 125 millions d'euros.
Les rémunérations des fonctionnaires de l'Assemblée représentent 25% du budget total, bien plus qu'à la Chambre des communes britannique (15%) et qu'au Bundestag allemand (12%). Ces rémunérations sont de 75 % à 150 % supérieures à celles de la fonction publique d'État et que les 24 fonctionnaires les mieux payés touchent une rémunération annuelle brute de 213 000€.
L'organisation de plusieurs services est montrée du doigt. Le service des achats n'a pas «une compétence éprouvée d'acheteurs» et aurait dépensé un million d'euros pour rien l'an dernier. Les finances ont essuyé un manque à gagner de 1,8 million d'euros depuis 2001 suite à des décisions pas toujours heureuses de placements de la cagnotte qui représentait 302 millions d'euros en 2007. La Chambre des députés disposerait d'une dizaine de comptes bancaires, dont la gestion serait complètement cloisonnée.