La journée de mercredi 13 septembre prévoyait un programme privé de visite du Saint-Père Benoît XVI avec son frère Georg : messe au Grand Séminaire de Ratisbonne ; la bénédiction du nouvel orgue de l’Alte Kapelle et visite au cimetière familial. A Manopello, Benoît XVI avait également prévu une visite privée au sanctuaire de la Sainte Face, à sa descente d’hélicoptère, il y avait plus de 10000 personnes et le pape de dire :"çà commence bien". Cependant, le Saint Père s’est prêté de bonne grâce. Aujourd’hui, même phénomène. Depuis 10h30, le pape Benoît XVI est entouré d’une foule de journalistes, de fidèles, de personnalités qui lui laissent très peu de temps avec son frère installé dans une stalle du choeur de cette église.
Bénissant l’orgue de l’Alte Kapelle, le pape a dit : "Nous espérons que cet orgue servira toujours à honorer Dieu ; cet orgue, le roi des instruments, doit élever le coeur des hommes vers Dieu". Benoît XVI a demandé aux évêques d’encourager l’étude sur le rapport entre musique et liturgie, en veillant aux modalités d’application de la mélodie sacrée et en particulier sur les innovations :
"La musique sacrée doit être en harmonie avec la grandeur de l’acte liturgique qui célèbre les mystères du Christ ; elle doit être caractérisée par un sens de la prière, de la beauté, de la dignité. Elle ne doit pas céder à la légèreté, à la superficialité, ou à la théâtralité".
"Quand le magistère en arrive concrètement à expliquer quelle musique peut répondre aux caractéristiques exposées ci-dessus, il place inévitablement à la première place le chant grégorien."
Ensuite, a eu lieu une grand bénédiction et une aspersion avec l’eau bénite puis l’organiste a entamé la Toccata et Fugue de Jean-Sébastien Bach BWV 535. La cérémonie s’est terminée par la récitation du Notre Père et la bénédiction du Saint Père.