La conseillère fédérale suisse Simonetta Sommaruga a expliqué au ministre croate des affaires étrangères Vesna Pusic qu'après le résultat de la votation «contre l'immigration de masse», elle n'était plus en mesure de signer dans sa forme actuelle l'accord pour l'extension de la libre circulation des personnes à la Croatie. Celui-ci a donc été supsendu.
En représaille, la Commission européenne a suspendu la participation suisse au programme européen de recherche «Horizon 2020». Horizon 2020 est le programme européen pour la recherche et le développement, doté d'un budget de 80 milliards d'euros.